依據「臺大機械工程研究所博士學位授與規定及研究生考核辦法」所載，本所目前博士班資格考試共分以下七個學門：

• 流體力學（包括黏性流體力學、可壓縮流體力學、理想流體力學）。
• 熱學（包括高等熱力學一、熱對流、熱傳導及熱輻射學）。
• 控制學（包括系統動態學、線性控制系統、訊號與系統）。
• 固體力學（包括線性彈性力學、塑性力學、波動力學）。
• 機械設計學（包括機器動力學、高等機動學、最佳設計）。
• 機械製造學（包括材料之機械性質、切削原理、製造原理）。
• 工業工程與管理學（包括製造原理、確定型模式與方法、非確定型模式與方法）。
  

博士班學生於入學一年半內須參加資格考試，此考試於每學期末辦理。考生應考前須自以上七個學門中選定一「主修學門」，並以該學門下所列之三個科目應考，各科目之命提及評分原則如下：
　
一、命題範圍依「臺大機械工程研究所博士班資格考試各科範 圍」文件所載，並以碩士班程度為標準。
二、各科命題教授至少兩人；指導教授儘量迴避命題，但如須指導教授命題時，則該科命題教授至少三人。
三、每科考試時間為100分鐘。
四、每科成績以70分為及格標準。
五、命題教授閱卷時採彌封方式，最後由負責整理所有各科成績之教授開封登錄。
六、考試結果由所命題教授開會追認、核定後，請系所主任公佈各考生通過科目。